可以在妊娠16周内选用，但仅出于明确原因使用，如病原体引起的明显过早流产风险或严重损害。否则，药物可以在妊娠后期和中期使用，这容易导致儿童发育不良，并且这种药物容易导致儿童发育畸形。
常见副作用是恶心，呕吐，头晕等症状，也可以见到肢体抖动，麻木等不适，还有可能影响到肝肾功能，另外有些人因为个体差异，可以出现过敏反应。另外，这种药物有可能影响到胎儿，属于妊娠期不宜用的药物，药物可以通过血乳屏障，所以哺乳期也需要慎用。
哺乳期间产妇不适合服用这种药物，因为这种药物属于抗生素，哺乳期产妇服用以后可能对孩子造成不良影响，哺乳期产妇应该尽量减少吃药，如果症状较严重可以去医院就诊，在医生的指导下用药。
奥硝唑是一天吃两次，在成人一次是吃500毫克。对儿童来讲，每12个小时，每公斤体重是十毫克。同时还可以治疗贾第虫病，阿米巴病和毛滴虫病，这一些和治疗厌氧菌感染的话是有一些差异性的。
奥硝唑对怀孕有没有影响从优生优育的角度考虑有影响的，不能要孩子用药时间恰好是在胚胎组织器官发育的关键时期，基本上是受孕满两周以后，到九周这阶段（相当于停经四周到十一周），这阶段是胚胎发育最关键的时期，也叫敏感期。如果要使用一些药物，尤其是药量比较大可能会导致畸形的发生增多。这是一个关键时期。
