脑部做核磁共振的检查要优于CT的检查。因为核磁共振的检查更清晰，特别是后颅窝的病变，当CT检查时因为有颅底颅骨的伪影，对脑干和小脑有可能会存在一部分伪影的现象，所以对于一般的病变的检查核磁共振更好。
核磁共振和ct，ct辐射大。磁共振是人体细胞内的氢原子核在强大的磁场空间内，产生共振运动，经过一系列重建技术转换成磁共振图像用于临床诊断，所以磁共振是没有电离辐射的。而CT却是利用X线成像原理形成图像的，所以CT是有X线电离辐射的。
一般情况下，小孩做脑CT和核磁共振有一定伤害，但是伤害较小。
小孩做脑CT，通常有一定的辐射损小孩的全身影响是比较小的，因为一次脑CT受到的辐射量通常是有限的，只要不是多次进行，一般不会造成较大的伤害。而核磁共振对于孩子的伤害则相对更小，因为核磁共振的成像一般和射线没有较为明显的关系，因次，也不会对小孩造成较为明显的辐射性损伤。
CT比核磁共振准确，不是核磁共振就比CT好，需要结合具体的疾病以及检查的部位。如果是发病的急性期，怀疑颅脑出血、蛛网膜下腔出血，CT是首选的检查。头部的核磁共振在检查脑梗死上，较头颅CT而言更加精确。
CT和磁共振在不同的检查部位各有自己的优势。在中枢神经系统方面，核磁共振的诊断价值总体来说优于CT。在头颈部检查中，副鼻窦、乳突CT优于核磁共振，口咽、鼻咽、喉咽检查中，核磁共振优于CT。在胸部、纵膈检查中，CT明显优于磁共振。
核磁共振。这两种检查的基本原则是不同的。电脑控制下的x光扫描人体的身体层。增强扫描是一种造影剂的注射，主要检查肝内血管和占位性病变。核磁共振是一种通过收集磁共振现象产生的信号来重建图像的成像技术。肝脏检查和腹部平增强扫描可以，磁共振成像对判断肝脏肿瘤也很有帮助。
