孕酮低是会影响月经的。可以去医院做一下孕酮检测，查明原因后在医生的指导下适当的补充孕酮。平时要注意休息，不要劳累，生活规律，保证睡眠充足，多吃富含维生素的新鲜蔬菜和水果，不要吃生冷辛辣刺激性的食物。
月经不调孕酮太低可通过以下方法进行治疗。
女性出现月经不调孕酮太低的情况，临床上一般通过在医生的指导下服用增加体内孕酮的药物来进行治疗，比如黄体酮软胶囊和雌醇环丙孕酮片。另外，患者还可以到医院检查性激素六项，以此来判断是否存在其他的妇科疾病，比如多囊卵巢综合症，并及时进行针对性的治疗，这样才可以更好的保证女性的身体健康。
孕酮对月经不调有一定的疗效，但是孕酮是人体内原有的激素，副作用不大，所以注意用量就行，但是在服用的过程还是有一定的不良反应，会出现头晕，头疼，恶心，抑郁，乳房胀痛，突破性出血，阴道点状出血，体重增重或者减少，宫颈分泌物性状改变，倦怠感，发热，失眠，黄褐斑，肝功能异常。
通常情况下，月经不调吃炔雌醇、环丙孕酮3-5天可以停血。具体情况分析如下：
月经不调吃炔雌醇、环丙孕酮吃几天可以停血，具体的要取决于患者的个人情况，一般在3~5天就可以停止了，用药期间需要随时观察患者的情况，并根据阴道流血的症状来调整用药方案。阴道流血停止之后，患者一般还需要再坚持吃炔雌孕酮3~6个月，才可以更好的调节患者卵巢的功能，降低以后月经不调的发生概率，利于患者病情的恢复。
孕酮低会造成月经不调，孕酮也是一种性激素，如果分泌减少就会影响月经，可以用人工周期治疗，服用几个月经周期。平时保证充足的睡眠，不要熬夜，充足的睡眠有利于体内激素的正常分泌，体育锻炼。
怀孕和好多因素有关系不一定只是月经不调的原因，还是详细检查一下，最直接的关系就是孕妇是否排卵，排卵和好多因素也有关系，环境因素，药物因素，身体其他疾病的影响，你应该测一下基础体温，连续三个月，确实不排卵可以用促排卵的药物治疗。也应该寻找不排卵的原因。