无症状的肾囊肿一般不需要治疗。若囊肿有压迫症状了，建议早期手术治疗是最好的治疗方法。手术减轻了囊肿对肾实质的压迫，保护了大多数剩余的肾单位免遭挤压和进一步损害。
最佳治疗方法可以采取穿刺抽液，抽液以后注射硬化剂。注射硬化剂的目的是肾囊肿的囊内形成粘连、硬化，这样可以迫使该部位不再出现积液形成囊肿的。一般有人选择药物治疗，但是对于肾囊肿，药物治疗的效果一般都不好，所以最佳的治疗方式还是采取肾囊穿刺抽液的操作。
在B超的引导之下穿刺引流，把囊肿的液体吸出来，然后往里面打一种无水酒精，叫做硬化这种方法。用腹腔镜在腰上打上2-3个眼，把这个手术完成，病人基本上没有太大的痛苦，手术恢复也非常快。
如果是单一囊肿，没有影响到肾脏功能，可以考虑暂时不进行外科手术治疗的，平时注意休息，其次就是定期复查看看囊肿是否有进行性长大的情况存在，如果继续长大，及早手术还是比较好的。对于囊肿目前还没有药物进行治疗，主要是外科手术或者是观察。
肾囊肿是可以运动的，但是如果囊肿比较大，要避免剧烈运动。肾囊肿是肾脏的一种良性病变，好像皮肤上长了一个痣。在很小的时候，对于运动没有什么要求，不管是缓和的运动，还是剧烈的运动。如果囊肿比较大，这要选择那种比较缓和的运动，避免剧烈运动，尤其怕在剧烈运动过程中导致碰撞、挤压，有可能导致囊肿破裂而出血。
