通常来说，先天性黄疸是通过药物治疗的。
体内胆固醇水平明显偏高会导致新生儿出现黄疸，新生儿出现黄疸一般使用益生菌、茵栀黄口服液等药物进行治疗。益生菌可以有效调节儿童的肠道菌群，茵栀黄口服液可以有效的减少胆红素的肝肠循环。药物治疗可以很好地降低新生儿的先天性黄疸水平。如果先天性黄疸使用药物治疗无效，可能还要考虑手术治疗。
首先保持呼吸通畅。防止舌咬伤。抽搐时防脱臼。抽搐停止后让病人头转向一侧，以利口腔分泌物流出，防止吸入肺内致窒息或肺炎。在平时一定要加强监护，防止误伤他人。抽搐停止后病人意识未恢复前应加强监护，以防自伤、误伤、伤人、毁物等。
先天性鼻泪管阻塞治疗可以用热敷按摩泪囊区，也可以用滴眼液。如果半年后不能恢复，需要及时手术。是儿童常见疾病。大多数孩子可以在2到3个月的时候自动通开它，这种疾病会导致儿童流泪并增加眼睛分泌物。
部分先天性扁平足需要治疗。
对于一些先天的扁平足，可以终生不会有平足病的出现。但在临床上，更多的是平足病，是先天的扁平足，是后天形成的。因此，此病要从防治入手，积极提高足跟韧带强度，加强张力锻炼，防止患上平足病。有些病人可以通过外科手术来达到恢复部分的脚弓度。先天性扁平足需要治疗的患者可以及时前往正规医院，在医生指导下通过手术进行治疗。
通常情况下，先天性胎儿有心室间隔缺损，一般会在一年之内自动关闭。具体内容如下：
但是如不能自己封闭，或是单纯的二孔导致先天性心脏缺损，应做外科治疗，4~5岁是最好的选择。尽早进行外科治疗，可以避免肺部的循环阻力增高，避免右心功能衰竭。此外，宝宝还需要进行一次心脏的超声检测。如果没有明显的扩大，或者低于6mm，可以不做手术。患儿要饮食清淡，多食新鲜蔬菜、水果，补充维生素，提高身体免疫力。营造舒适、安静的休息环境，定期通风，保持室内空气新鲜，避免上呼吸道感染。
