宫外孕的手术时可能会切除患侧的输卵管，即使出于生育考虑保留，输卵管的功能也不会和从前完全一样，再加上因为出血导致的盆腔粘连也减少了受孕几率。也可能会导致盆腔炎症，子宫内膜炎。
是输卵管不通畅、输卵管通而不畅或者输卵管完全阻塞，可能导致后期再次发生宫外孕。同时也可能引起术后感染，导致周围组织粘连，如盆腔或者宫腔的粘连，进而导致月经量稀少、慢性盆腔痛。
可能在原位钙化，容易造成输卵管的堵塞，输卵管堵塞以后就容易影响生育，有可能会造成下一次妊娠的再一次宫外孕或者此次治疗出现持续性宫外孕。这种治疗方法对患者伤害是比较小，但是会杀死胚胎。
女性有两根输卵管，如果因为宫外孕切除了一侧的输卵管，另一侧的输卵管如果是正常的，一般不会对身体有太大的影响，但是会导致怀孕的几率减低；如果另一侧的输卵管也有异常，出现炎症、肿瘤等疾病时，导致卵子不能正常的运行，会导致怀孕的几率非常小。
宫外孕大部分时候是不会留下什么后遗症，但如果术中切除了一侧输卵管，就要注意检查另一侧输卵管是否正常，以免影响将来怀孕。宫外孕手术后需要注意保养，应适当休息，不做重体力劳动。宫外孕术后患者要多吃些富有营养的食物，使身体尽快恢复正常，大部分情况下不会有后遗症。
在手术之后，可能会引发后遗症。由于局部的炎症没有办法彻底清除，很可能会造成盆腔粘连，而引起反复的下腹部疼痛。宫外孕手术时，如果输卵管已经破裂，没有办法进行取胚手术，则只能切除一侧的输卵管，会使怀孕的机会减少50%。在手术之前需要插尿管，很可能会造成泌尿系的感染，而引起尿频、尿急、尿痛、肉眼血尿等膀胱刺激症。
