一般来说，甲状腺结节隐隐作痛的原因如下：
甲状腺结节隐隐作痛，常见的原因是结节增大，产生了刺激性；如果甲状腺结节压迫了颈部的神经，也可以导致甲状腺结节隐隐作痛。
患者应该注意休息，早睡早起，不要进行重体力劳动，避免剧烈运动，同时保持愉悦的心情，以清淡、易消化的饮食为主，保持良好的饮食习惯和睡眠习惯，少吃零食、速食，有利于身体的恢复。
出现甲状腺结节，同时伴有隐隐作痛，需要高度警惕亚急性甲状腺炎。亚急性甲状腺炎在发病前一周有上呼吸道感染病史，继而出现颈部甲状腺结节，伴有疼痛不适症状。严重时甚至会影响到病人的进食、饮水，造成吞咽困难。
一般情况下，甲状腺结节伴淋巴肿大可能是甲状腺恶性肿瘤造成的，具体内容如下：
如果出现了甲状腺结节并有淋巴结肿大，那么就应该是与甲状腺乳腺癌相关的疾病，例如：甲状腺乳头状癌并伴有颈部淋巴结转移。甲状腺乳头状癌是一种分化类型的恶性疾病，其颈部淋巴结有很高的转移风险。甲状腺和颈部的淋巴结肿大，质地坚硬，边缘不明，形状不规则，需要去正规的医院做甲状腺和颈部的彩色超声，以确定是否有病变。
甲状腺结节如果有局部疼痛，需要考虑是不是因为甲状腺结节在短时间内快速的扩大，引起了精神压力。还有一些甲状腺结节位置有出血、囊肿等疾病，也有可能会导致甲状腺结节部位的疼痛和不舒服，建议做颈部的弹性彩超，以了解甲状腺结节是否有进行性增大。如果甲状腺结节有明显的增加，并且有四级或更高的弹性评分，那么就需要进行外科手术。在手术的过程中，可以通过肉眼观察，通过术中快速的冷冻组织切片来判断是否是良性的或者是恶性的。良性的患者可以做完手术，恶性的患者可以做腺叶的根治性切除手术，同时还要做术后的组织学检查。
甲状腺囊肿大多数是单发结节，偶有多发结节，直径大多为2~5厘米。临床上表现为颈部一侧肿大的囊性肿物，一般不影响呼吸和进食。
肿块呈环状，表面光洁界限清晰，大多不痛甚至微痛，不压痛，能随着吞咽上下左右活动。囊壁薄、弹性好，与周围组织界限明显，不破裂时不易发现内部回声及钙化灶等变化。囊内压不高则质软，触之有囊的性感；囊内液量少时，则质韧而脆，如不及时手术治疗可能引起局部感染等并发症。如果囊肉液体比较丰富，压力大的时候还能触摸到顽强的生命力。临床上常见到颈部肿大淋巴结，有时伴有全身症状，如心悸气短等。
临床上对甲状腺囊肿一般采用手术切除或穿刺抽液引流等方法进行治疗，但效果并不理想。
甲状腺结节伴局部淋巴肿大，被认为很可能是甲状腺恶性疾病。发生原因包括家族遗传因素、个人因素及后天因素，部分患者是接触放射性物质所致。此外，甲状腺有良性病变，随着病情发展易发生恶变。
甲状腺恶性肿瘤具体包括乳头状癌、滤泡状癌、未分化癌及髓样癌，许多患者在体检中可明确发现占位性病变或出现颈部包块，超声也进一步提示腺体内占位性改变。早期诊断的患者应积极选择手术治疗和颈淋巴结清扫，且术后仍需定期随访和观察，主要定期进行甲状腺功能检查，甲状腺激素片也需口服。