肾结石碎石的过程中，对肾脏有一定的伤害，但是伤害都比较小，一般问题不大，碎石几乎都会出现肉眼的血尿，血量的多少与碎石所用的能量成正比，还与人局部毛细血管的脆性有关，都是2-3次血尿，严重的2-3天之后血尿也会自行消失。
体外超声碎石治疗没什么副作用的。只是有失败的，不是百分之百成功。结石病是一种常见病，多发病，包括胆囊结石，肝内胆管结石，胆总管结石，肾结石，输尿管结石，膀胱结石，尿道结石。
体外碎石后会导致病人腰部疼痛，这种腰部疼痛不是由于腰椎系统疾病导致的，而是由于泌尿系改变导致的。体外超声碎石，粉碎肾脏内的结石或泌尿系结石，会对肾脏或输尿管产生明显的刺激。体外超声波对肾脏和输尿管，也会有比较小的刺激。
体外碎石的危害主要是会出现肉眼血尿，膀胱刺激症以及肾绞痛等。另外也可能会出现肾包膜下血肿，极少数严重的可能出现肾破裂。甚至会对输尿管造成损伤，有导致肾萎缩的潜在风险。
激光碎石需要住院。激光碎石现在广泛应用于泌尿系统结石的治疗过程中，激光属于一种有效的能量平台，可以将结石粉末化，是一种目前较为流行和先进的治疗结石的方法。但激光需要通过各种器械进入人体内，达到碎石的目的。
体内碎石往往是在手术的情况下，进行激光的碎石设备进行体内碎石，体外碎石往往是通过体外震波碎石等一些碎石方法进行碎石。对于体内碎石的病人，往往是由于结石比较大或者结石梗阻时间比较久，通过体外碎石无法完成的结石，才通过手术的方法进行体内碎石，体外碎石往往是对于体积比较小，梗阻时间比较短或者没有明显梗阻的病人，才进行体外碎石，效果可能会比较好。
