如果已经怀孕了，密切关注孕酮变化及巧囊大小变化；妊娠也是对巧囊的一种治疗和控制。巧克力卵巢囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗。药物治疗包括：假孕疗法，假绝经疗法等，但只能缓解症状控制发展，停药后，即复发，故对卵巢巧克力囊肿多主张手术治疗，手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，可行囊肿剥离术加卵巢成形术，不需要生育的，行半保守手术，即全子宫切除加患侧附件切除术。
如果囊肿比卵巢长，应在怀孕前治疗，以便怀孕生子。们可以先用药物来治疗。如果效果不明显，或反复疼痛，有必要选择手术治疗方法，传统手术或微创手术治疗这种疾病。有复发倾向，选择正规高新技术专科医院可以签约治疗，在医生的指导下对症的治疗。
如果是怀孕后发现巧克力囊肿，一般是没有关系的，只要囊肿体积不是很大可以等生育的时候一起治疗的。建议不用担心，一般是不会对怀孕的胎儿有很大的影响的。如果囊肿在短期内增长速度较快，建议手术治疗。
健康孕妇吃适量巧克力不成问题。
若血糖正常、体重处于理想范围内、早孕反应较重，巧克力就是补充碳水化合物的绝佳食品。怀孕期间如有血糖、血脂异常则忌巧克力。
患者需要注意的是，如果怀孕期间体重增加过快或怀孕前体重增加较多，则宜少吃巧克力。主要是因为巧克力含有大量碳水化合物，对血糖血脂代谢有一定影响，有利于体重增加。
小孩是不能吃巧克力的。
巧克力是一种高热量的食品，还有较多的脂肪和糖，营养成分的比例不符合小孩生长发育的需要，会导致体内脂肪代谢的紊乱，使糖转变为脂肪，导致肥胖，增加心脏的负担，容易得高血压、高血脂和冠心病。而且巧克力容易导致胃肠道功能紊乱，而且含糖过高，容易导致蛀牙，而且巧克力还有兴奋神经作用，影响小孩的睡眠。
囊肿体积比较大，并且边界不清楚，那么就应当剖腹探查取出囊肿，送病理检查明确囊肿性质以后，再决定下一步是否后续治疗。目前没有很好的药物能减少囊肿的发生。如果囊肿不是囊性的，而是实性或囊实性，尽早做手术。因为实性或囊实性的肿物，考虑肿瘤的可能性最大。
