肾囊肿的治疗需因人因病情而异，不可一概而论，因为肾囊肿发展慢，在无症状时不损害肾脏，对健康无危害，且患者发现时一般年龄较大，因此对于无症状的患者，即使囊肿较大也可不行治疗，如患者腰部疼痛、排尿异常系由于肾囊肿引起，且肾囊肿直径在5cm以上，可采取手术治疗，但容易复发。
艾灸是不能治疗肾囊肿的，药物也不能治疗肾囊肿，肾囊肿的发病的原因是扩张的肾小管，这段扩张的肾小管，逐步独立，就形成一个囊肿，肾小管的壁有分泌功能，分泌液多就会囊肿增大，分泌液少囊肿增大的不明显。
早期肾囊肿没有症状，不会出现身体的不适，不需要治疗，只需要每6个月到12个月复查一次就可以，出现症状或囊肿较大时，一般才用手术治疗，可以基本控制疾病，当前医学水平还没有治疗肾囊肿的特效方法。
肾囊肿一般大于4厘米才需要处理，肾囊肿相当于肾脏上面长了一个水泡，当肾囊肿大于4厘米的时候，建议可以到医院选择手术治疗。比较常用的手术方式是腹腔镜下肾囊肿去顶减压术，这种手术方式属于微创手术，主要是将肾囊肿的顶壁去除，然后将里面的囊液引流出来。
肾囊肿是否能做剧烈运动，要看肾囊肿的大小，一般超过五厘米的囊肿，需要进行手术治疗，不宜做剧烈运动。如果比较小的囊肿，没有明显的症状，做运动没有太大影响，需要定期复查。
