可以先做腹腔镜肾囊肿手术，然后再做体外碎石或输尿管软镜碎石术。可以进行体外碎石进行手术治疗。肾结石合并有肾囊肿治疗上需要根据结石与囊肿大小综合考虑。
肾囊肿腰会疼的，肾囊肿会疼的，但是当囊肿感染或者囊肿破裂出血，就有可能引起疼痛。肾囊肿导致的腰疼一般是持续性的胀痛或者隐痛，如果囊液感染或者破裂出血疼痛会很严重，需要及时的抗感染及止血。
肾囊肿是一种先天性良性肿瘤，不会引起腰痛，尿少及浮肿等肾功能损害，极少引起恶变，不需要治疗。平时注意清淡饮食，戒烟酒及辛辣刺激性食物，可以多喝水，注意勤排尿，多休息，不要熬夜及过度劳累，避免服用肾功能损害的药物，避免剧烈运动及重体力劳动，定期复查肾功能及肾彩超。
对于小的就不需要消除。对于大于5公分肾囊肿，通常采取手术治疗的方法来消除。手术通常采取腹腔镜下肾囊肿去顶减压手术。还可以做超声定位下肾囊肿的穿刺抽吸硬化治疗，但是这种手术方法复发率比较高。
肾囊肿直径小于4cm，无肾盂肾盏明显受压，无感染、恶变、高血压，或症状不明显者，只需密切随访观察，定期B超复查。艾灸的话可以艾灸中脘，神阙，关元，肾俞，命门，足三里，丰隆，阴陵泉，涌泉穴及手三里。还有肝俞，脾俞，胃俞和三焦俞。
