首先源于感染因素，比如长期肛瘘不进行治疗，反反复复发作形成多瘢痕，长期肛周脓肿反反复复发作，形成瘢痕后直肠失去弹性，也会形成肛门直肠狭窄。长期腹泻会引起括约肌痉挛，从而导致肛门直肠狭窄，另外肛裂也会引起肛门直肠狭窄。
直肠阴道瘘的手术治疗，首先要找到直肠阴道瘘的窦道，然后做手术切除窦道，在对窦道口进行缝合，这样就可以完成阴道直肠瘘的手术，手术治疗以后要好好休养，不要吃腥发类食物，避免影响伤口正常愈合。
肛门直肠狭窄的儿童，如果影响正常功能，可以按照医生的建议采取一些肛门扩张手术。平时，应该给孩子的腹部做顺时针方向的按摩，并适当饮用一些温水。母乳喂养的孩子的母亲也应该注意他们的饮食。他们应该多吃芹菜菠菜、黄瓜、苦瓜、鳄梨和火龙果，主要是含有更多粗纤维的食物。
肿瘤的侵犯引起的，有直肠阴道瘘，也是无法进行手术修补的，体质允许的可以考虑化疗等延缓肿瘤进展，采取生物免疫疗法治疗，同时还需要配合使用中药治疗。控制好以后才可以考虑手术。
可以考虑手术治疗，还有饮食上也要注意，一是不吃辛辣刺激食物，二是多喝汤水，三是多吃蔬菜和水果，防止便秘，可以用热毛巾热敷腹部，顺时针按摩。不要抽烟喝酒，不要熬夜。每天要用清水清洗肛门。