儿童脑肿瘤的原因如同其他类型的肿瘤一样，在病因上还不十分清楚，但是儿童脑肿瘤在相当程度上与胚胎组织的残余有关，例如表皮样囊肿、畸胎瘤、颅咽管瘤有关系。除此之外，神经母细胞瘤、神经纤维瘤病等与遗传因素有关。此外，基因突变、癌基因和抑癌基因的异常表达也与儿童脑肿瘤的发生有一些关系。某些具有致癌作用的化学物质、致瘤病毒和放射线等，也与儿童脑肿瘤的发生有一些关系。
脑瘤又称颅内肿瘤，目前颅内肿瘤的发病机制尚未明确，一般认为是肿瘤基因和遗传因素、社会物理环境因素、还有化学因素，生活及环境中甲基亚硝胺以及亚硝胺为代表的物质具有很强的致癌性，尤其是对中枢神经系统。肿瘤诱发病毒，该病毒可以通过侵入人体细胞，改变细胞基因。促使细胞增殖失控，演化为肿瘤细胞。
宝宝脑瘤引起的原因有环境污染，不少食物快餐以及饮料中都具有添加剂。还有电磁的辐射许多怀孕期的母亲也长期用电脑可能对胎儿产生影响。儿童期可能用药不够规范。
母亲在怀孕期间或者婴儿刚出生的时候，如果被EB病毒或者乳头状病毒感染，都有可能导致体内病变，引起宝宝脑瘤。另外滥用药物，如果新生儿过多地使用抗生素或者吃药或者母亲在怀孕的时候乱吃药都会对婴儿造成伤害。
脑肿瘤发生的原因有很多种，目前国际上是个研究热点，具体机制还没有完全清楚。大致的致病原因主要有：遗传因素，主要是病人的染色体，甚至是基因的缺陷，可能来源于父亲或母亲。胶质瘤发现了很多缺失或突变的基因，证实了这一点。环境因素。包括长期接受射线、电离辐射、有机致癌物等有害因素引起人体的基因突变，导致肿瘤的发生。身体其他部位的原发肿瘤，转移到颅内，形成颅内的转移瘤。
