分为西药治疗和中药治疗调理。西药分为假孕疗法和假绝经疗法，中药以疏肝解郁、活血温经治疗为主，应根据辨证论治的原则，针对不同的证型对症用药。适用于体积较大的卵巢巧克力囊肿。医生面诊指导为准。
痛经不一定是子宫内膜异位，但是子宫内膜异位会表现出痛经的症状。
痛经有原发性和继发性两种类型，常见的痛经与子宫发育不良、内分泌紊乱有关。由子宫内膜异位引起的痛经主要是继发痛经，并且会越来越严重，因此痛经可能是子宫内膜异位的临床表现，可以通过医生的诊断来确定，并对症进行治疗。
日常要注意休息，避免过度劳累，避免熬夜，以免导致症状加重。
子宫内膜异位症是渐进性痛经为主要症状，非月经期尤其是月经后期也有可能出现腹胀、服坠痛，尤其是性生活后出现腹痛的情况。尽早去正规医院做超声检查和妇科查体，据检查判断腹痛的原因，如果是子宫内膜异位症导致的可以进行治疗，治疗有手术治疗和药物治疗。
子宫内膜异位症术后复发率较高，中药主要是通过益气养血，调经散结，活血止痛法治疗。如果子宫内膜没有异位到了子宫肌层形成肌腺病，或者异位到卵巢等重要器官，就不会影响生育。所以痛经可能性很大。
子宫内膜异位症痛经以继发性为主，而且呈进行性加重。研究表明引起子宫内膜异位的疼痛与神经纤维的异常分布有关。内异症病人的血清、腹腔积液中，前列腺素的升高水平与疼痛程度呈正相关。
可以通过用中药治疗，一般选用腹贴。使异位的包块要逐渐的液化.缩小、吸收，临床症状例如疼痛会随着异位包块的缩小而减轻，或者全部消失。因为中医治疗原则是温经散寒、活血化瘀、软坚散结、消肿止痛。
