如果是很大的，第一个是卵巢的储备率下降，对卵巢功能造成损害。特别是恶性的，如果两侧卵巢都切除，会提前出现更年期；如果是良性的、切除单个的，甚至＜5cm这类的病例，切除后并发症是很少的。
卵巢畸胎瘤分为成熟型畸胎瘤和未成熟型畸胎瘤两种类型，分别采用不同的外科方法进行处理。
成熟型畸胎瘤多见于青年女性，一般应行手术切除；未成熟型畸胎瘤也是比较常见的，是恶性肿瘤，需要考虑到肿瘤的分级，以及外科治疗的范围。若从保存生殖能力的角度来看，应选择一侧辅助手术；在不需保留生殖能力的情况下，可以采用手术治疗，将患侧附件切除掉。
畸形瘤在手术结束后，在饮食上需要特别注意，不能吃很多食物，比如羊肉、胡椒和公鸡，这些食物摄取过多，伤口出血的现象会更加严重，还有一部分食物是头发。吃这些饭菜，卵巢畸形瘤会复发。
检查发现卵巢畸胎瘤是需要手术治疗治疗的。首先，需要手术明确卵巢畸胎瘤的性质，手术方式可以选择开腹手术术，或者微创腹腔镜手术，目前多选择腹腔镜微创手术，损伤小恢复快。如术前高度怀疑恶性或绝经女性可选择附件切除术。术后定期复查即可。另外，如果卵巢畸胎瘤为不成熟畸胎瘤，即为恶性情况，术后需要配合化疗来进行治疗。
腹腔镜手术在进行手术的时候是全麻的，所以手术中不会觉得疼。手术后会因人而异，有些人不觉得疼，术后恢复良好，很快就出院了。而有的人会觉得很疼，觉得穿刺口疼，小肚子憋疼，恶心呕吐，这个时候需要用止疼的药物，这个手术现在都是用腹腔镜做的，对病人损伤小，疼痛小，恢复快，值得选择。
卵巢内有畸胎瘤的话会影响到卵巢的正常功能，如月经紊乱等，盆腔内有积液，影响女性正常排卵，很难怀孕，或者流产可能性大。所以一般卵巢畸胎瘤可以进行手术切除，良性肿瘤一旦切除复发的可能性很小，切除后月经恢复正常，排卵期正常。可进行超声检查，可以知道子宫内膜厚度是否恢复到月经来潮的厚度，盆腔内积液是否减少，如果有明显改善，再调理一段时间，就可恢复到正常排卵了，不久就可以怀孕了。