瘘大部分肛瘘由肛门直肠脓肿破溃或切开排脓后形成。脓肿逐渐缩小，但肠内容物仍不断进入脓腔，在愈合缩小的过程中，常形成迂曲的腔道，引流不畅不易愈合，日久后腔道周围有许多疤痕组织，形成慢性感染性管道。挂线疗法是治疗肛瘘最常用的方法，该方法是利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线的机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘的方法。适用于距肛门3—5cm内，有内外口低位或高位单纯性肛瘘，或作为复杂性肛瘘切开、切除的辅助治疗。
中医治疗肛瘘病可以用熏洗疗法，主要用于术前术后的治疗，起到消肿止痛的效果。药物可以用：菊花，黄柏，蒲公英等。主要起到清热解毒，消肿止痛，祛湿止痒的功效。可以先熏蒸，然后再用药水进行外洗。
大多的时候这样的病人，可以多吃一些易消化的食物为主，比如清蒸的鱼类，不能含有鱼刺，比如蒸水蛋。在食物中可以增质量，增加一些既柔软又有营养的食物，饮食方面一定不要吃过于油腻、过于难以消化以及蛋白过高的食物。
肛瘘当然需要治疗，而且治疗方法只有手术治疗，肛瘘有比较简单的低位单纯肛瘘和比较难的高位复杂肛瘘。低位单纯肛瘘往往做肛瘘切除术就可以治号，而高位复杂肛瘘则需要做肛瘘切开术或者肛瘘挂线术。
肛瘘不能自愈。因此必须手术治疗。不治疗会反复发作直肠肛管周围脓肿．手术原则是将瘘管全部切开，并将切口两侧边缘的瘢痕组织充分切除，使引流通畅，切口逐渐愈合。对于距肛门3至5cm内，有内外口低位或高位单纯性肛瘘可以采取挂线疗法，改制了方法也可以作为复杂性肛瘘切开，切除的辅助治疗手段。此外必要的抗炎药物治疗也很重要。
