鳃裂囊肿多位于耳后、下颌角后方、侧颈部，为无痛性肿块，质软，可以移动，与表面皮肤无粘连。感染后出现局部肿痛、破溃、流脓，形成窦道。行超声检查示局部囊性肿物生长。穿刺活检抽出囊液确诊，可以行泛影葡胺造影CT检查，确定囊肿的来源。一般需要将囊肿与其根蒂部一并切除，避免以后病变复发。如果囊肿感染后手术，需要同时将炎性组织及瘢痕组织一同切除。
鳃裂囊肿禁忌辛辣，热性辛辣食物性多温热，耗气动火。须忌食辛辣。如葱、蒜、胡椒、羊肉、狗肉等辛辣热性之品。还禁忌油腻，油腻食物性多粘腻，助湿生痰，滑肠滞气，不易消化和吸收，而且油腻食物与药物混合更能阻碍胃肠对药物有效成分的吸收，从而降低疗效。
是属于鳃裂的畸形。最好是手术治疗。一般外科手术可以彻底切除囊肿和瘘管，防止出现复发的症状。如果有继发感染，一定要全身抗感染治疗，局部切开引流，待炎症消除后再行手术。如果长时间反复不治疗，出现感染等情况，也有恶变的可能。
得了鳃裂囊肿，更要注意口腔卫生，养成早晚刷牙、饭后漱口的好习惯；避免受凉、劳累，适量运动，提高机体免疫力，以免继发感染。避免辛辣刺激食物、避免油炸煎烤类食物，避免抽烟喝酒；注意营养丰富，多食蔬菜水果等富含维生素和纤维素的食物，少吃油腻、高脂肪的食物。
鳃裂囊肿原因多半是鳃器上皮细胞的残留。鳃沟闭合不全。分隔鳃沟与咽囊的闭膜破裂。鳃器的发育异常。颈窦存留。以上几种因素也可同时存在。还有作者因囊肿标本大部分有淋巴组织而提出。
鳃裂囊肿又称为鳃源性囊肿可以发生于任何年龄，在儿童期多在五岁以前发病，男性的发病率略多于女性，鳃瘘一般发现早，症状比较典型，多数表现为胸锁乳突肌前缘，可见一个细小镂空，如果挤压时可以有少许的白色分泌物溢出。