阿莫西林属于青霉素类药，所以如果有对青霉素过敏及青霉素皮肤试验阳性患者禁用。其次，还有个胃肠道反应，有人会恶心呕吐。药物经过肝脏解毒和肾脏的排泄所以肝肾功能不太好的人用量都要酌减。
阿莫西林不要外用，而且正规青霉素类抗生素都没有外用制剂，这是由于阿莫西林等青霉素类药物外用，极其容易引起细菌耐药，所以不可外用。当患者出现皮肤及软组织均感染时，可以选择红霉素软膏，夫西地酸软膏或莫匹罗星软膏等外用抗生素制剂，严重的软组织感染可以口服或静脉应用抗生素，口服或静脉抗生素可以选择阿莫西林。
阿莫西林对于细菌有很强的作用，可以通过破坏细菌的细胞壁，达到杀灭和抑制细菌的目的。在临床中阿莫西林应用非常广，经常治疗敏感菌所导致的咽炎、扁桃体炎、鼻窦炎等上呼吸道感染。
怀孕一个月吃阿莫西林是没有什么影响的。
孕妇吃阿莫西林没有明显的危害，对于胎儿的发育也没有较大影响。在怀孕期间，如果有细菌性感染，可以考虑口服阿莫西林。如果妊娠期患有呼吸系统或者是泌尿系统细菌感染性疾病，需要服用抗生素治疗的情况下，阿莫西林是一种安全有效的药物，孕妇可以考虑服用阿莫西林进行抗感染治疗。
孕妇是可以吃阿莫西林的。怀孕期是特殊的生理时期，孕妇在怀孕之后，身体各方面都会有明显的改变，药物在孕妇体内发生的变化，和没有怀孕的时候是不一样的。有的药物，整个孕期都可以服用，但有一部分药物可直接作用于胚胎，对胎儿产生影响，也可间接地通过生化反应，引起胚胎畸形。
阿莫西林的副作用不大。阿莫西林可出现的副作用有恶心、呕吐、腹泻及假膜性肠炎等胃肠道反应。皮疹、药物热和哮喘等过敏反应。贫血、血小板减少、嗜酸性粒细胞增多等。血清氨基转移酶可以轻度增高。