首先，替代治疗是服用哌甲酯，即左甲状腺激素片。
对于甲状腺功能低下症状快的孩子，有必要确定甲状腺功能低下的原因。例如，部分是甲状腺自身发育异常引起的，其余是甲状腺功能发育不全引起的，如果自身没有甲状腺，需要终身进行甲状腺激素替代治疗。另外，甲状腺异常症的儿童，症状出现比较晚，需要进行核素扫描。具体用药请结合临床，以医生指导为准。
先天性甲状腺功能低下的常见原因有：
1、甲状腺不发达或发育不全。
2、细胞因子合成途径缺乏酶；
3、甲状腺激素缺乏；
4、甲状腺激素靶器官反应降低。产后新生儿期一般行足跟血筛查，可早期发现，需尽快口服细胞因子片。先天性甲状腺功能减退症同时存在甲状腺发育异常，除需终身服药外，其他类型多可在正规治疗2-3年后定期观察停药，最主要临床症状为早期哭声弱、哺乳困难、便秘、黄疸消失等症状。
先天性甲状腺低下婴儿是先天性甲状腺功能减退儿童期最常见的智力疾病。
这种状况早期无明显表现，一般出现症状不可逆，又称白痴小症。该病晚发，严重影响儿童智力发育，发现该病矮小，导致智力低下。医学认为，2个月内发现及时治疗，终身服药，智能基本正常。10个月以上，发现治疗智商只能达到正常的80%，大于2岁，智力不可逆转落后，先天性甲低发病率约为五千分之一。先天性甲状腺功能低下，临床症状为智力低下，生长发育迟缓，以及基本代谢低下。确诊指标需检测血清、促甲状腺素、游离三碘甲状腺原氨酸、游离细胞因子浓度、超声检查、骨龄测定、甲状腺同位素扫描，可作为辅助手段。
先天性甲状腺功能减退症是一种严重的甲状腺疾病。由于甲状腺功能作用于身体多个器官的功能，该病的出现严重危害身体健康，严重影响身体各个器官，甚至危及生命。
1、这种病会直接损害患者的精神神经系统。甲状腺功能减退症是先天性的，出生后3~4个月宝宝会出现智力迟钝的现象，后期注意力不集中、理解力差、听力也不好等严重患者肢体协调紊乱。
2、也会对消化系统产生不良影响。导致甲状腺激素水平异常，消化系统功能受损，除肠蠕动下降、食欲减退外，还可引起吸收障碍和胃酸缺乏。
小儿疝气是先天性的，它是因为先天性的解剖结构鞘状突在出生以后没有闭塞，在腹股沟区遗留一个通道。
在腹压增加的诱发因素下，腹腔内、盆腔内的脏器比如说肠管、卵巢、子宫等通过这个通道由腹腔或者盆腔下降到腹股沟区或者阴囊内，形成一个质软的、可回纳的包块。小儿疝气往往不能自行愈合。保守治疗没有明显的效果，需要手术治疗。
先天性甲状腺功能低下症状通常是进食少、喂养困难、便秘等。
先天性甲状腺功能低是由先天性因素造成的甲状腺功能异常，大概超过95%的婴儿在出生时并没有明显的征兆。但是，部分婴儿发病后会有动作比较迟钝、容易打瞌睡的表现，需要叫醒以喂养婴儿，婴儿还可能会发出沙哑的叫声。此外，婴儿多有食欲不佳、吃得少、喂食困难、便秘、体温较低等表现，可能出现体长偏短、皮肤干燥、舌头大、脐疝、囟门大、面部浮肿等症状。
