预防肛瘘首先养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。
肛瘘多久能痊愈；手术后按时换药，平时注意卫生，勤清洗，便后清洗，一般需要2-4周可以痊愈。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。避免一直保持同样姿势，坐着工作的人每隔一小时要能走动三、四分钟。
肛瘘多为化脓性感染所致，少数为特异性感染，如结核、克罗恩病、溃疡性结肠炎等感染亦可所致。最佳治疗办法可以手术处理。通常术后需要半月到一月时间恢复，手术观察期间一定要注意饮食生活作息，少吃辛辣刺激的食物，少喝酒，多注意局部的卫生清洗，勤换内裤。
术后会感觉到肛周疼痛。因为肛周皮肤是齿状线下方，属于体神经支配的区域，对疼痛刺激敏感，通常是可以忍受的。可以选择应用温盐水坐浴的办法，能够缓解疼痛，手术以后也应该积极进行静脉抗感染治疗。
肛瘘手术后不久(一般是术后1~3个月内)发生假性愈合的情况是指瘘外口和瘘管表面的皮肤看上去已经愈合了，但里面的瘘管并没有愈合而且还和瘘内口相通联，这就还会在瘘管内形成脓肿，最终导致肛瘘复发。
