肝内胆管结石不会自愈。如果患者有手术指征及早进行手术治疗。采取的手术方式是高位胆管切开取石术。如果患者肝内胆管结石造成某一叶的肝脏萎缩，可以行肝部分切除或者肝段切除。
肝内胆管结石是可以出现肝区疼痛，出现阻塞性黄疸，肝功能受损等症状，肝内胆管结石直径小，未导致胆汁阻塞，是可以保守治疗，口服医院所开的口服药物，如果结石较大，出现嵌顿，还是选择手术治疗。
中年男性朋友，目前患有肝内胆管结石，应远离高胆固醇食物，如油炸食品、油腻食品和鸡蛋，尽量不要吃，因为这些食物容易引起肝内胆汁淤积，并可形成继发性胆管结石，在严重情况下，可以多吃新鲜蔬菜和水果，包括橙子、菠萝、橙子等。
如果有疼痛感，可以口服利胆消炎的药物，也可以采取中医辩证治疗的，如果反复发作，可以考虑手术治疗，可以使用腹腔镜治疗的，这样损伤性较小，具体的，建议遵当地的医嘱的。
年轻人的运动方式可以是跑步、打羽毛球、乒乓球等，老年人则可以走路、慢跑、打太极拳等。肝内胆管结石在进行体育锻炼时要制定合理的计划，量力而行，循序渐进。初始运动量要小，在可承受范围的情况下逐渐增加运动量，达到一定程度即适可而止，一般以不感觉疲劳为准。
可以通过药物刺激，分泌出的胆汁使胆囊口自动打开，胆管自动放大，胆囊收缩时，通过药物刺激变松弛的胆管排出，然后进入肠道，在肠道的蠕动下最终以排便的形式排出体外。
