肛瘘手术治疗的方式有肛瘘切开引流术、置管或挂线引流术、肛瘘切开术、瘘管剔除术、主灶切开支管旷置术以及挂线术、双向等压引流术、瘘管填塞术，还有国外的VSD负压封闭引流术。可以根据病情的发展选择合适的治疗方式。
肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
按病变程度分类：单纯性肛瘘，只有一条瘘管，内外口直通的肛瘘；复杂性肛瘘，瘘管和外口在两条或两个以上，但内口可以是一个或多个的肛瘘。按病变的深浅分类：低位肛瘘，瘘管管道位于外括约肌深层以下的肛瘘；高位肛瘘，瘘管管道位于外括约肌深层或耻骨直肠肌以上，内口在齿线或齿线以上的肛瘘。
肛瘘可形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀胱瘘，殃及周围脏器，最严重的是有恶变倾，影响身体，通常会出现身体虚弱，精神颓废，身体免疫力下降等症状，会出现贫血，身体消瘦。
肛瘘的检查方法可以做肛门指检，肛门指检为最常见、最直接的检查方法，可触及条索状物及硬结。还有就是美兰造影，将美兰从外口打进，如果美兰由肛门流出，可诊断肛瘘。影像学检查包括B超、磁共振、肛瘘造影。手术探查需在麻醉状态下进行。
