肾结石的痛苦主要有肾盂阻塞、肾盏腔内压力增加、肾包膜张力过度等，还可能与肾脏结石的炎症、水肿、黏膜刺激、蠕动增强等有关。
疼痛的主要发生在腰部和腰部。但如果肾脏体积小，则可能会在肾盂或肾盏中移动，特别是在肾盂出口处和肾盏的颈段，使其发生强烈的运动。因此如果尿道突然阻塞，会导致肾脏聚集的牵引，导致肾脏绞痛。肾结石有明显的痛楚，主要表现为一侧的腰腹部有钝痛或隐痛，运动后会加剧。在肾脏或输尿管中运动并受到刺激的小结石会导致肌肉的抽搐。
肾结石半夜疼的厉害的原因，肾结石在排出过程中会损伤泌尿系统的黏膜，如果结石较大，在进入输尿管狭窄的部位时，可以出现坎顿，导致疼痛难忍，严重的会出现肾绞痛。
肾结石没有得到有效排除疼痛就会一直存在，并且反复发作。肾结石发作的时候异常疼痛，时候可以喝一大杯水缓解疼痛，喝完水肾部有一定的尿量，疼痛就会减轻很多，或者有些疼痛就会消失。
肾结石引起的腰痛可以是剧烈疼痛，也可以是胀痛或者酸胀痛。那么在什么情况下可以引起剧烈的疼痛？比较小的肾结石，通过掉入到肾盂或者输尿管内引起血管痉挛，肾盂内压力增高从而引起剧烈的腰痛。如果说梗阻程度比较重，引起了肾脏的中度或者重度积水，疼痛反而没有那么剧烈，往往是出现了胀痛或者酸胀痛这种感觉。
有可能是肾结石增大，或者是松动卡在某处，引起局部组织剧烈疼痛，如果结石的体积比较小可以多活动，多喝水，尽量让结石自行排出，如果结石体积比较大，要选择体外碎石或者手术腔镜取石等方式治疗，减轻疼痛。
