如卵巢囊肿为良性，一般不用切除卵巢，只行卵巢囊肿剥除术，保留卵巢组织。手术时，卵巢囊肿一般都会送术中快速病理，如快速病理提示为卵巢恶性肿瘤，则需要切除卵巢，根据病理类型，恶性程度高低，年龄，有无生育要求，确定手术范围，有的行患侧附件切除，包括卵巢和输卵管，有的需切除全子宫加双侧附件，有的还需同时切除盆腔淋巴结，大网膜和阑尾。
卵巢囊肿治疗后有复发的可能，而且术后复发对病人的后果不好，因此做完手术的病人应该注意定期到医院检查身体。检查包括内诊、B超等，对于良性多房性乳头状粘液性囊腺瘤，如果手术彻底一般不易复发，此病临床上20%—30%于双侧发生，但治疗卵巢囊肿并无特效药。
来月经后，如果在月经中期发现卵巢囊肿，可能是有生理性的黄体囊肿的可能，不用采取治疗。
在正常月经周期中，卵泡从初级卵泡，再到排卵前，卵泡逐渐发育成熟，而在排卵以后，黄体形成，可能会导致黄体细胞直径变大，从而致使黄体达到1~2毫米左右。如果精子与卵子结合，黄体就变为妊娠黄体，未受精则变为白体。月经后出现的卵巢囊肿，大部分可能就是生理性的黄体囊肿。
所以月经后出现无症状性的卵巢囊肿，可以随身观察，不用治疗。
绝经后出现的卵巢囊肿一定要注意，不要把它当成是一种普通的疾病，如果肿瘤标记物不是很好，那么就需要做一些随诊的检查。
3-6个月做一次B超检查，发现囊肿在短期内有明显的增长，要考虑是否有恶性的疾病。应视手术后的病理情况而定。
良性疾病患者术后需进行辅助性化学治疗，若囊肿仍在绝经期，建议行外科手术，以清除肿瘤，以确定是否有肿瘤。日常生活中要密切观察是否有腹部疼痛和突然的腹部疼痛，有可能是囊肿扭曲引起的。
怀孕后卵巢囊肿建议疼痛手术进行治疗。
女性在妊娠期间由于盆腔充血，导致卵巢囊肿增大的比较快。如果是在怀孕的时候发现了囊肿，治疗的原则是从妊娠12周开始，到有手术指征的情况下，再继续观察。因为手术会导致流产等并发症，如果是在晚期，可以等到怀孕后再入院。剖宫产的时候，如果发现有卵巢囊肿，一般可以做手术。
卵巢囊肿切除后，是容易复发的。现在目前病因并不明确，主要是卵巢组织异常增生。所以有过卵巢囊肿的人，手术切除以后还容易复发的。所以有过囊肿的人，一定改变饮食结构，减缓压力，调整作息，看一看能不能缓解。卵巢囊肿切除后一般都得做病理，看看囊肿良性恶性。所以一旦囊肿形成，切除后一定病理看看。
