肾囊肿主要采取保守和手术的方法治疗，不必采取刻意的治疗，只要定期随访观察就行。结石药物治疗应选用脲酶抑制剂，有控制结石长大的作用。非药物治疗包括体外冲击波碎石，是通过X线或超声定位，利用高能冲击波聚焦于结石，裂解结石，使其随尿液排出体外。
双肾囊肿伴结石，可以使用穿刺抽液手术进行治疗。肾囊肿是肾脏的一种良性的结构异常，一般小于四公分的囊肿，定期复查即可。身体出现不适时，要及时去医院进行检查治疗。注意休息。
肾囊肿和肾结石是两种疾病，都是良性的。肾脏囊肿性疾病，是以肾脏出现内覆上皮细胞囊肿为特征的囊性疾病。囊肿可有单个或多个，内含液体或半固体碎片，多为遗传性，也可为后天获得性。肾脏囊肿分为单纯性肾囊肿、成人型肾囊肿、获得性肾囊肿。肾结石是晶体物质在肾脏的异常聚积所致，为泌尿系统的常见病。
肾囊肿加结石有些严重，在有双肾囊肿而且伴有结石的情况下，要看囊肿和结石的大小，如果囊肿大于五cm的情况下，就是要去做手术来进行切除了，而结石要看具体所在的部位和结石的大小。
不属于是肾结石的，但是有囊壁钙化现象就要注意了，因为有了钙化灶之后会演变成结石的，一般不需特殊处理，肾囊肿伴囊壁钙化灶可能是囊肿壁有钙质沉积造成，不需特殊治疗了，平时一定要多喝水。
我认为主要取决于肾功能是否有所改变。如果囊肿的肾功能也发生了变化，要在彩色多普勒超声的定位下穿刺取囊肿。对于肾结石问题，它主要取决于结石的大小。如果小于电6公分，仍有可能将其排出。相反，我认为体外碎石术是普遍需要的。
