阴茎短小根本的原因是遗传基因的影响。另外包皮过长会阻碍阴茎的发育。后天性的阴茎短小，主要是因睾丸萎缩引起，青少年发育期间摄入的锌原素、雄性激素、维生素E和相关蛋白营养不足，缺乏后天能量补充，起不到壮大性器官的作用。
阴茎大小和个人体质遗传有关系，正常成人的阴茎在疲软状态下有7-9厘米，勃起以后大概就是11-16厘米。如果疲软状态下小于5厘米，而且勃起时小于10厘米，才能叫阴茎短小。作为大多数男性来讲，性成熟期是18周岁，基本发育就差不多了。
出现阴茎短小的原因，可能是因为先天发育不良导致的，也可能是因为后天营养不良导致的。时候到医院检查一下，如果是符合手术要求的是可以做手术治疗的。如果勃起的长度大于8cm以上，这种不影响性生活，这样可以不用处理。
如果出现了阴茎短小，往往和先天性的发育有直接的关系。可以考虑及时的到医院进行阴茎延长手术，阴茎的长度可以明显的改善。如果患者阴茎的长度大于10厘米是属于完全正常的。
阴茎短小的治疗方法包括生理性阴茎短小，多见于耻骨联合部、会阴部脂肪较多的男性，可通过手术治疗，去除多余的脂肪，使阴茎得以延长至正常长度，病理性阴茎短小，染色体异常、克氏综合征、卡尔曼综合征导致的阴茎短小，应及时就诊，明确病因，对症治疗。
