肾囊肿直径大于4cm之后就要手术治疗，或者是肾盂旁的肾囊肿压迫肾盂造成了肾积水，所以要手术治疗。因为囊肿直径大于4cm或者造成积水，会对肾脏造成一定损害，所以要手术治疗。
肾囊肿如果比较大，还是有一定危险性的，囊肿囊壁较薄，较大的囊肿随时都可能在外力撞击时，造成囊肿破裂等，引起出血。如果肾囊肿较小，一般没有明显的症状，就要定期检查，观察囊肿大小及进展情况。
果单纯性肾囊肿直径大于六厘米以上，或产生了压迫症状，可以通过肾囊肿去顶减压术来得到治愈，但是不能保证肾囊肿不再复发。然而如果是遗传性肾囊肿，通常表现为多囊肾合并多囊肝，目前来说没有办法治愈，仅在多囊肾囊肿较大时，可以通过去顶减压手术来得到缓解。
肾囊肿的治疗需因人因病情而异，不可一概而论，因为肾囊肿发展慢，在无症状时不损害肾脏，对健康无危害，且患者发现时一般年龄较大，因此对于无症状的患者，即使囊肿较大也可不行治疗，如患者腰部疼痛、排尿异常系由于肾囊肿引起，且肾囊肿直径在5cm以上，可采取手术治疗，但容易复发。
肾囊肿是一种良性的。如果体积很小，通常没有明显的不适。建议病人进行肾彩色多普勒超声检查。如果囊肿体积较小，应该进行骨科检查以确定是否是由腰椎间盘突出或腰肌劳损引起的。如果囊肿的体积超过4厘米，可以通过手术切除。开放手术恢复时间约为一个月。
较小的一个是它可以用一些药物和食物来治疗。囊肿的治疗效果不是特别明显。治疗肾囊肿时，必须用手术治疗。然而，当肾功能在相对较小的临床市场中不受影响时，可以首先通过保守或观察来治疗。当蛋白尿或肾功能损害相对较大时，需要通过肾切除术切除囊肿。
