肾囊肿可分为肾脏单纯性肾囊肿，肾脏多发囊肿，多囊肾。其中多囊肾为常染色体显性遗传病，其他两种不是遗传性疾病。目前临床上对于肾囊肿的治疗有肾囊肿穿刺抽液硬化术，腹腔镜肾囊肿去顶术。对于单纯性肾囊肿两种术式均可。肾脏多发囊肿适合行腹腔镜肾囊肿去顶术，这种术式可以将所有囊肿同时处理，手术安全，手术效果好，囊肿复发的几率低。
肾脏多发性囊肿，囊肿个数超过两个以上，就可以称之为多发性囊肿。肾囊肿是良性疾病，如果体积比较小，没有明显的症状，对肾实质不造成压迫，不影响肾功能，可以动态观察，定期随访。如果囊肿的个数比较多，而且直径大于六公分以上，对肾实质造成了明显的压迫，就需要积极的处理。肾囊肿的处理，目前有两种方式，一种是在B超引导下做肾脏的囊肿穿刺，适用于囊肿位于肾脏的下极或者中极。另外一种是经腹腔镜肾囊肿去顶减压手术。
肾囊肿不能靠吃药治好的，只能靠手术。患者不用担心，手术是可以治好的。双肾囊肿是一个简单的肾囊肿，只要囊肿不超过三厘米，就不需要治疗，但如果超过三厘米，就需要手术以获得更好的疗效。平时注意休息，低盐饮食以清淡食物为主，营养均衡。
多发性肾囊肿，如果肾囊肿比较小，肾功能没有什么影响，也没有出现什么不适症状，是不严重的。应如果现在没有什么不适症状，定期到医院复查就可以。如果肾囊肿不断增大，就需要采取肾囊肿切除手术。
双肾多发囊肿，就是双肾上都长了多个囊肿，囊肿手术后复发率很高，手术后建议中药调理。多发囊肿只是肾脏良性肿瘤，只要不压迫不影响肾功能就问题不大。一般这种囊肿不超过5cm，是不需要治疗的。双肾多发囊肿是比较常见的现象，属于良性改变，一般产生的原因是由于炎症或者先天因素导致的。如果没有出现压迫症状，或者导致肾功能异常的状况，就需要隔期复查就行，不需要特殊治疗的。
多发性肾囊肿并不是一种独立的病，它或属于多囊肾，或属于单纯性肾囊肿。无症状时不需要做任何治疗，但要活期复查，查看囊肿能否持续增大。无症状的患者应常常实行尿液检验，包括尿惯例、尿培育，每半年至少一年实行一次肾功能检验，包括内生肌酐清除率。由于感染是肾囊肿好转的紧要原因，因此若非非常必要，不必实行尿路创伤性检验。肾囊肿的治疗方法较多，穿刺治疗和保守肾囊肿消肿方治疗。