附睾囊肿的病因可能是睾丸和附睾发炎，也可能是性生活中的传染病。需要先确定囊肿的大小。如果囊肿不是很大，平时也没有不适症状，则不需要考虑手术治疗。如果囊肿很大，有明显症状通常需要手术治疗。
附睾囊肿手术后遗症有：附睾有时会出现小囊肿，多数都是潴留性囊肿，有炎症引起的囊肿比较少，如果没有症状，囊肿又比较小不需要治疗。如果症状比较明显，囊肿相对比较大，可以手术切除附睾。
附睾囊肿是一个生长在睾丸顶端的充满液体的囊。是良性的即非由癌症引起。有些男人只有一个囊肿另一些在两个睾丸上有多个囊肿。很少见的是，可以与引起身体其他部位囊肿的疾病相关联。小囊肿不需要治疗。
一般情况下，附睾囊肿通常不会导致男性出现阳萎，具体情况分析如下：
附睾囊肿是一种囊性疾病，是一种常见的泌尿系统疾病，常发生于人体的附睾，当其体积很少的情况下并无明显的临床表现，但是当其体积逐渐扩大后，会产生阴囊底部的不适。如有感染会出现发热、红肿等症状。阳萎是一种不能勃起、勃而不坚、坚而不坚硬的疾病，也就是所谓的勃起功能障碍。
比较小，单一的附睾囊肿是不需要治疗的，如果是比较大的囊肿，或者短时间内增大的囊肿，或者是多发的附睾囊肿可以考虑手术进行切除，一般是手术过程中用蚊式钳分离附睾囊肿，把囊壁完全切除即可。
