附睾囊肿的病因可能是睾丸和附睾发炎，也可能是性生活中的传染病。需要先确定囊肿的大小。如果囊肿不是很大，平时也没有不适症状，则不需要考虑手术治疗。如果囊肿很大，有明显症状通常需要手术治疗。
比较小，单一的附睾囊肿是不需要治疗的，如果是比较大的囊肿，或者短时间内增大的囊肿，或者是多发的附睾囊肿可以考虑手术进行切除，一般是手术过程中用蚊式钳分离附睾囊肿，把囊壁完全切除即可。
如果计划进行穿刺检查，通常在住院后进行。这表明必须选择正规的公立医院进行泌尿外科治疗，而不是一些所谓的私立男性医院。治疗后，应该首先向接受治疗的医生解释目的。经彩色多普勒超声、穿刺等检查后，应确保诊断后有针对性的治疗。
手术一般是没有问题的，附睾头囊肿手术切除多余的囊肿并不是切除附睾，囊肿是属于良性病变，要先进行穿刺抽液，附睾及附睾囊肿切除后，后续应该配合消炎消肿治疗。平时要多卧床休息。
附睾囊肿是男人常见的，大多数人可以自己摸到或做B超发现，是不需要处理的囊性改变，不会造成什么客观的影响。主要看对生育是否有影响的，可以做精液精子常规分析，如果没有生育要求是不需要做手术的。
附睾囊肿是一种良性的病变，所以不必过于紧张。如果囊肿比较小，一般不需要特殊处理。如果出现囊肿的体积增大，或者引起不适感，可以手术治疗。药物治疗并没有明显的作用。