一般情况下，足背腱鞘囊肿初期可以使用扶他林软膏、吲哚美辛胶囊、双氯芬酸钠肠溶片、大七分胶囊等，都能起到抗炎症、活血化淤、通经活络的效果，对治疗囊肿的患者也能起到一定的缓解效果，建议患者在医生的指导下使用药物进行治疗，以免对身体造成不良影响。还可以结合其它疗法，比如红外辐射、微波、小针刀等，如果不能有效地缓解关节的活动和疼痛，可以通过外科手术将肌腱鞘囊肿完全切除，有较好的治疗效果。
如果是由于皮脂腺囊肿的炎症和化脓，会导致疼痛、发热费，同时还会导致皮脂腺囊肿的波动感，如果感染的比较严重，可能会导致肌膜炎。如果出现了皮脂腺囊肿，需要服用抗生素。一般需要服用一些头孢类的药物。常用药物有阿莫西林胶囊、罗红霉素片、头孢氨苄干混悬剂等。
待炎症被控制住后，医生会通过手术来摘除皮脂腺囊肿，而具体选择何种术式，主要与囊肿的大小等情况有关。
附件区的囊肿可能是生理性的，1-3个月经周期之内，囊肿通常就会自行的消失，所以不需要用药，可以使用彩超定期观察即可。如果附件区的囊肿持续存在的时间超过三个月，患者首先检查肿瘤标志物，如果肿瘤标志物没有因此，可以使用桂枝茯苓丸、散结镇痛胶囊等中药来治疗，如果中药治疗效果不好，患者需要则选择手术治疗来治疗。
一般出现囊肿药物不能治疗，需要采取手术治疗，手术后可以根据情况采取消炎药等药物治疗。出现睾丸肿大不正常，可见于积液，炎症等疾病，建议到医院外科做一下血常规，彩超的检查，看具体是哪种疾病导致，然后再选择治疗，不要盲目治疗。
脑囊肿吃什么药物效果都不好，也没有哪种药物可以治疗囊肿。应该积极治疗，否则随着囊肿的增大，会压迫颅内组织，出现一系列的精神神经症状，严重的甚至能够危及生命。只要治疗及时得当，术后调理的好，是能够完全治好的。
目前临床上尚无治疗乳腺囊肿的药物。
一般来说，乳腺囊肿需要手术治疗才能治愈。并且，手术前要精确定位乳腺囊肿的大小和位置，这样才能做到精准切除，减少手术创伤。手术的时候，一定要彻底切除乳腺囊肿，包括囊壁，这样可以减少术后复发的几率。另外，乳腺囊肿手术切除后的标本一定要送冰冻病理学检查，明确诊断。术后患者即使痊愈，也要定期复查，动态监测恢复情况。
