巧克力囊肿是会导致不孕的。至少会造成排卵障碍。卵巢巧克力囊肿的形成是由于内膜在卵巢中仍然会出现“经血”症状，但由于在卵巢内无法排出，日积月累就造成了旧血的长期潴留，形成囊包。
巧克力囊肿对于女性身体的健康影响还是非常大的，如果不够重视疾病的治疗，很容易影响到身心健康，到医院进行相关的检查，如果症状轻微，可以通过药物缓解症状，进行腹腔镜手术的方式治疗较好。
巧克力囊肿的手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是本病通常使用的处理方法。目前认为以腹腔镜确诊、手术+药物为内异症治疗的一般选择。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法。
巧克力囊肿的治疗主要是采取手术的方法。不同的情况有不同的手术方式选择，有生育要求的明确诊断后先行药物治疗，病情重者行保留生育功能手术；年轻但无生育要求的重症者可行保留卵巢功能手术，并辅以药物治疗；症状及病变均严重的无生育要求者可行清除手术。
做完巧克力囊肿手术后又复发，可以考虑用绝经的假绝经的疗法，让她不来月经，囊肿就能好一些。或者巧克力囊肿复发了，手术以后，一定打一些针，术后好好用一些药，让不来月经，假绝经疗法，去治疗巧克力囊肿。
