目前没有效的药物可以好的，盆腔子宫内膜异位症，导致的巧克力囊肿。部分活血化瘀，软坚散结的中药或中成药制剂，可能会延缓，巧克力囊肿的生长速度，促进陈旧性出血的吸收，但是疗效并不确切，效果也并不理想。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症中最常见的一类，巧克力囊肿随着病程的延长，囊肿内积血的不断增加，囊肿体积也随之增大。需进行手术治疗，术后出现卵巢早衰会引起潮热，失眠，脾气暴躁等不适症状。
两边都有聪明的囊肿。如果卵子正常，排卵正常，可以自然受孕。如果有双侧巧克力囊肿并且长期未怀孕，做腹腔镜治疗。腹腔可以疏通输卵管，治疗囊肿，二级以上公立医院都有腹腔镜检查，治疗效果良好。可以通过手术治好，也可以有孩子。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症异位的内膜长到了卵巢上，形成血性的、包裹性的液囊，也就是囊肿，所以称之为巧克力囊肿，由于自身有一些容易产生子宫内膜异位症的因素，即使是做完手术，很可能还会复发。
巧克力囊肿做腹腔镜手术是不会疼的，因为在手术中会用到全麻，病人会在麻醉结束后昏迷。
手术完成后，患者可能会出现小腹的疼痛和不适，这是因为麻醉药物药力会逐渐减弱，直至消失，但这种不适症状通常在术后24小时能够自行消失。做手术之后一定要卧床休息,不要做剧烈的运动,还要注意腹部保暖,避免着凉，饮食以清淡、营养为主。
巧克力囊肿是没有明显症状，但可能有子宫内膜异位症，子宫内膜异位症可能出现痛经、月经异常。对于巧克力囊肿，药物治疗通常无效。应该考虑微创手术。手术后也需要注射以防止复发。如果子宫内膜异位症引起严重痛经，也可以用药物治疗。
