进行完善的根管治疗，在第一次治疗时，要采取有效的方法止痛，控制感染扩散，局部治疗包括清洗和疏通根管，建立引流通道，对于已形成脓肿的还需要切开排脓，牙调颌等措施。还可根据患牙严重程度给于口服药物。这是传统的治疗方法，相当于一个口腔小手术。
牙周脓肿首先可以进行药物性的治疗，口服药物，而如果脓肿有波动感，需要先进行脓肿的切开，并且要在切开以后引流，先进行基础性的洗牙和龈下刮治，然后再进行牙周的手术治疗。
对于有牙周脓肿的牙周病病人，可以对其进行局部治疗。
牙周炎在中、重度的情况下，很容易形成较深的牙周袋，而在较深的牙周袋，在病人体内抵抗力降低，牙周囊内有感染，导致牙周脓肿，或者是牙周脓肿引起的牙痛，肿胀，或者是牙齿的松动，错位，咬合的痛苦，这些都是需要治疗的。
一般需要借助表麻药，将囊肿剖开，切开以后要将脓腔分开，排出脓液，再用生理盐水进行脓肿的清洗，直到彻底清洗感觉，再进行局部的引流条。
在牙的唇颊侧或舌腭侧牙龈形成椭圆形或半球状的肿胀突起。牙龈发红、水肿，表面光亮。脓肿的早期，炎症浸润广泛，使组织张力较大，疼痛较剧烈，可有搏动性疼痛。叩痛，松动明显。脓肿的后期，脓液局限，脓肿表面较软，按压可有波动感，疼痛稍减轻，此时轻压牙龈可有脓液从袋内留出，或脓肿自行从表面破溃，脓肿消退。
深层牙周袋内壁的化脓性炎症延伸至深层结缔组织，当脓液不能排入袋内时，袋壁软组织内会形成脓肿。深牙周袋是迂回的，涉及多个牙齿表面，不能顺利排出脓性渗出物，特别是涉及牙根分叉区域。在刮垢或刮擦过程中，作用是粗糙的，将碎屑和细菌推入牙周袋的深层组织或损坏牙龈组织。
牙周炎与口腔卫生不佳、牙结石过多有关，建议定期洗牙，清除牙结石，保持好口腔卫生，不吃辛辣刺激的食物，避免牙周炎反复发作。牙周脓肿，建议切开排脓，并口服抗炎药物对症治疗，如果牙齿松动明显，建议及早拔除换牙。