早期的巧克力囊肿一般采取保守的治疗，但是手术治疗能够达到治疗的目的，先试着保守治疗，看看病情能否控制，非常注意个人卫生，月经期间防止经血逆流，慎服避孕药。建议中药调理一段时间，注意均衡营养，观察排卵情况再要孩子。
卵巢巧克力囊肿属于子宫内膜疾病的一种，现在临床针对此种疾病，多采取根治治疗，即直接手术治疗。根据病患目前的年龄、病情、生育需求等，可以采取保守治疗，比如使用药物治疗，但是容易反复复发。孕龄妇女采取药物治疗，可以保留卵巢功能，待生育后，再考虑进行手术治疗。
去专业正规的医院进行检查和治疗，遵医嘱用药。尽量吃清淡一点，要忌生冷和茶。个人的卫生习惯也很重要，内衣勤洗勤换。多用开水烫洗然后放在太阳底下暴晒。保证良好的作息，不要太晚睡觉。
巧克力囊肿可以采用手术治疗，手术可较为彻底地清除囊肿，而且通过手术的方式还可以有效的缓解痛经，提高生活质量，对于有不孕症的病人，手术后妊娠率能够得以提高。另外也可以采用中药治疗。
巧克力囊肿穿刺术后要暂时注意休息，暂时一两周之内不能同房，另外要用点消炎药，防止感染，尽量不要吃辛辣刺激的食物，其它饮食跟平时正常差不多。卵巢囊肿虽然容易恶变，但只要做到早检查、早发现、早治疗还是可以避免的。
左侧巧克力囊肿3cm可以用药物治疗。一般卵巢囊肿都是属于良性的病变。建议多注意观察，如果长期不能恢复，建议采取手术治疗。卵巢囊肿和个人的激素水平有很大的关系。建议根据个人的实际情况，听取医院主治医生的建议，做出进一步的判断。
