进行肛门检查，首先应当选择合适的体位，可选择膝胸位、截石位、弯腰俯卧位，有时也可以采取左侧卧位，选择合适的体位，对检查疾病有很大的帮助。首先应当进行肛门视诊，观察肛门的位置是否有异位变形等。然后观察肛门周围的皮肤及颜色，是否存在着红斑、糜烂、渗出，是否有肿物。
宝宝大便常规检查，可以检查出来是否有肠炎、真菌感染、肠道寄生虫以及消化不良等疾病。做大便常规检查，主要是看大便的性状、白细胞、红细胞、细菌分类：有没有霉菌、真菌、有没有虫卵、有没有便潜血以及轮状病毒等。
留取大便时注意不要与尿液混在一起，宝宝粪便为水样稀便、不成形便，可先用干净容器接取，不得从尿布、便池、地面上舀取；采取大便后应尽快送检（1小时内送至检验科检查），以免影响检验结果。建议注意给宝宝多喝温热水，注意腹部防寒保暖；饮食卫生，宜清淡有营养。
大便常规检查能查出肠癌，肠癌初期以便血为主，其次是大便习惯改变，排便不尽感，里急后重等，此外还极易引起梗阻现象，产生肠道刺激症状等。肠癌有很多突出的临床表现，患者还需多加小心。
使用肛门镜，也可以借助直肠镜进行检查，首先，患者尽量去排空大便，并且使用温水清洗肛门，尽量保持肛门部的清洁卫生，要保持心情放松，在检查时，患者一般需要采取膝胸位或者侧卧位。医生一般需要对肛门镜和患者肛门涂抹石蜡油等润滑剂。
