肛瘘多为化脓性感染所致，少数为特异性感染，如结核、克罗恩病、溃疡性结肠炎等感染亦可所致。最佳治疗办法可以手术处理。通常术后需要半月到一月时间恢复，手术观察期间一定要注意饮食生活作息，少吃辛辣刺激的食物，少喝酒，多注意局部的卫生清洗，勤换内裤。
肛瘘多久能痊愈；手术后按时换药，平时注意卫生，勤清洗，便后清洗，一般需要2-4周可以痊愈。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。避免一直保持同样姿势，坐着工作的人每隔一小时要能走动三、四分钟。
肛瘘位于直肠肛管周围，做手术要切开或者切除，或是挂线，伤口要敞开，所以恢复起来比较慢。因为肛门每天都要排便，所以每天要坐浴，清洗伤口，需要三，四周才能够恢复。比较轻的，可能时间会再短一些，比较严重的肛瘘也要6-8周才能够恢复。
肛瘘手术多长时间可以康复也是因人而异的，大多数在2-3周左右是可以完全康复的，术后的护理对于病情的康复发挥积极的作用，在术后还要采取一些防感染措施，饮食上也要做到以流质食品和半流质食物为主。
低位肛瘘属于肛瘘中治疗难度相对较低、愈合相对较快，远期治疗效果相对较佳的一种，大多需要在麻醉下行肛瘘切除术，术后需要遵医嘱定期复诊，伤口换药，使用抗菌药物治疗促进愈合。术后两周左右即可恢复。要注意肛门口卫生，便后及时清洗患处，避免吃辛辣刺激性食物。