肛瘘位于直肠肛管周围，做手术要切开或者切除，或是挂线，伤口要敞开，所以恢复起来比较慢。因为肛门每天都要排便，所以每天要坐浴，清洗伤口，需要三，四周才能够恢复。比较轻的，可能时间会再短一些，比较严重的肛瘘也要6-8周才能够恢复。
肛瘘手术多长时间可以康复也是因人而异的，大多数在2-3周左右是可以完全康复的，术后的护理对于病情的康复发挥积极的作用，在术后还要采取一些防感染措施，饮食上也要做到以流质食品和半流质食物为主。
肛瘘多久能痊愈；手术后按时换药，平时注意卫生，勤清洗，便后清洗，一般需要2-4周可以痊愈。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。避免一直保持同样姿势，坐着工作的人每隔一小时要能走动三、四分钟。
肛瘘病人在手术后，如果没有伤口感染等症状出现，一般经过半个月就可以恢复，但具体恢复时间因人而异。建议病人在术后坚持用温水坐浴，并服用消炎药物来抗感染，还要多吃富含膳食纤维的食物，以保持大便通畅，防止伤口受到不良刺激。
肛肠手术术后出现小便困难并不鲜见，大多可能系肛门伤口疼痛引起的反射性尿道内口收缩导致的，因为从解剖生理上排粪和排尿的神经会相互影响。血尿的原因恐怕跟导尿的关系比较大，这在临床上也时有发生，属导尿的并发症之一。