乙脑灭活疫苗副作用有局部出现红肿、疼痛，1-2天内消退。少数有发热，一般均在38℃以下。少数有头晕、头痛、不适等自觉症状。偶有皮疹，血管性水肿和过敏性休克发生率随接种次数增多而增加。
乙脑灭活疫苗和减毒疫苗的主要区别在于，乙脑灭活疫苗是死病毒制成的疫苗，不良反应发较少，需要进行多次注射后，才能在宝宝体内形成抗体。多次接种又增加了宝宝的痛苦以及不良反应的发生率。而乙脑减毒疫苗属于活疫苗，存在一定的接种排斥，不良反应相对较明显，但是接种效果好，接种次数少，对宝宝的伤害减少，容易被家长接受。因此，乙脑减毒疫苗要比减毒疫苗好一些。
乙脑灭活疫苗与减毒疫苗有很大的不同之处，就是因为乙脑灭活疫苗是由死病毒制作而成，副作用比较小，要经过多次的注射，才能在婴儿体内产生抗体。
反复的注射会使婴儿的疼痛和副作用的发生率提高。乙脑减毒疫苗是一种活疫苗，有一定的免疫排斥作用，副作用比较大，但是免疫效果好，接种次数少，对孩子的危害小，更容易为父母所接受。所以，乙脑减毒疫苗优于减毒疫苗。
当然是灭活疫苗好，灭活疫苗是病毒失去活性的疫苗，没有任何传染性，接种安全，而减毒疫苗是经过人式培养，毒性减低的疫苗，有些人接种后会有发病的危险。两种疫苗的抗原性是相同的，产生的抗体也一样。
乙脑减毒活疫苗事故率并不是很大。乙脑减毒活疫苗是预防乙脑的有效手段，流行性乙脑是由昆虫为媒介传播的，人和牲畜共同患病的疾病，此病起病急，会突然出现高热、惊厥、昏迷，痉挛性瘫痪等中枢神经系统疾病，严重者危及生命。
乙脑减毒活疫苗是国家规定的在计划内的免疫接种疫苗，注射乙脑减毒活疫苗主要作用就是提前预防乙脑病毒感染所导致的脑炎疾病。乙脑减毒活疫苗能够刺激产生抗体，免疫功效非常好，并且保护周期长，一般需要接种两次，前后接种需要间隔一年，防止其不良反应给孩子身体造成负面影响。
