卵巢囊肿分为生理性和纯囊性，一般小于5cm的囊肿考虑为生理性的，每3个月复查B超就可以了，而且大部分会自行缩小或消失，但也可能在另一侧卵巢或同侧卵巢在长出来。卵巢囊肿大于五厘米，可以考虑手术，但并不是说到五厘米了，必须通过手术来治疗，也可以先吃药，而且有的人没有症状，观察就行，或者做一个标志物的检查，检查结果都是正常的，说明没有发生癌变，暂时就不用考虑手术。如果短时间内有明显的增大，再考虑手术就可以了。
切除子宫卵巢巧克力囊肿一般就不会复发了。巧克力囊肿又名卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种。一般子宫内膜生长在子宫内，但是在月经期的时候由于子宫内膜的脱落。
巧克力囊肿，又称卵巢内膜异位囊肿。巧克力囊肿复发时，疼痛，巧克力囊肿病人会不同程度的出现小腹疼痛，白带异常、月经紊乱失常。不孕症，将近一半的病人因盆腔器官的粘连，使输卵管的蠕动受阻而造成不孕不育。痛经，夫妻性生活中还会伴有疼痛感出现。
巧克力囊肿不复发主要有两种办法。第一种办法就是做手术，将病灶全部切除。这种办法几乎是不可行的，因为手术将巧克力囊肿切除的太彻底，容易对卵巢造成太大的破坏，引起卵巢的衰退。第二，人工闭经。在临床当中主要是选用激素类药物，比如米非司酮或者是醋酸亮丙瑞林等药物。
卵巢囊肿治疗后有复发的可能，而且术后复发对病人的后果不好，因此做完手术的病人应该注意定期到医院检查身体。检查包括内诊、B超等，对于良性多房性乳头状粘液性囊腺瘤，如果手术彻底一般不易复发，此病临床上20%—30%于双侧发生，但治疗卵巢囊肿并无特效药。
巧克力囊肿手术后尽量过三个月再开始备孕。手术之后排球的创面需要恢复1到2个月，这一两个月之内是不能够受孕的，但是这一两个月之内内异症病灶容易复发，所以术后要用三个月的药物治疗，这三个月的药物治疗，能够把残留的病灶进一步的沙面，同时能够预防复发，治疗三个月之后，只要恢复月经就可以尽快怀孕。
