巧克力囊肿是会引起小腹疼痛的。巧克力囊肿在月经期的时候会出现下腹疼痛的，月经过后疼痛消失。并且如果是在非月经期，当囊肿发生了扭转或者是破裂，那么也会出现小腹疼痛的现象发生。巧克力囊肿的形成，主要是由于子宫内膜异位到卵巢处，并且由于里面的液体呈咖啡色的，所以又称为巧克力囊肿，这种囊肿一般是双侧的较多。
巧克力囊肿是盆腔包块的一种，是异位的子宫内膜，就是子宫内膜异位症，子宫内膜异位症可以引起月经的紊乱，卵巢排卵的异常，所以可以影响生育，导致不孕。随着月经周期的变化出血，形成囊肿，因为囊肿的内容物是咖啡色巧克力状，所以称巧克力囊肿。
巧克力囊肿有很多临床表现，其中痛经是主要症状，却是最容易忽略的先兆；性交疼痛也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，卵巢巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。在不孕的女性中，子宫内膜异位造成的不孕占有很高的比例。卵巢子宫内膜囊肿也是临床表现之一，囊壁较脆缺乏弹性，经血逐渐聚积，囊内压力不断增高，内容物可自囊壁的薄弱部位溃破，溢入腹腔刺激腹膜，引起腹膜炎，出现急腹症。
在月经期间进行手术，会导致出血的增多，在手术的时候不可避免造成组织的创伤，使大量的凝血因子激活并消耗，在这期间进行手术术中的创面渗血较多，影响手术的操作，术后渗血较多，会引起气道的受压等继发性的问题。
有巧克力囊肿的女性最典型的症状就是痛经。巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，主要是经血通过输卵管逆流回盆腔，种植在卵巢而引起的。建议手术进行治疗。术后一个月内不要吃辛辣，刺激性，生冷的食物。平时要多注意局部的卫生，以纯棉，透气好，宽松的内裤为主。
