甲状腺囊肿最有效的治疗方法是手术切除。如果选用穿刺可以将囊肿中的液体抽出，短期效果很明显，病人也没有什么痛苦，但是囊壁仍然保留，之后还有形成囊肿的可能，所以手术切除是目前对于治疗甲状腺囊肿最可靠有效的方法。
甲状腺囊肿微创消融术效果一般较好。
甲状腺囊肿微创消融可避免传统的手术创伤，穿刺针局部高温具有坏死病灶凝固性、彻底清除病灶的效果。手术小时短，疗效显著。甲状腺囊肿微创消融术的主要局限性是甲状腺恶性肿瘤患者只能采用微创消融术切除肿瘤病灶，不能清洁周围淋巴结。但是可能会发生并发症，如喉管神经损伤等，手术治疗结束后，出现声音嘶哑、喉上神经损伤，喝水可能出现呛咳。
甲状腺囊肿大多不会自行治愈。
甲状腺囊肿的形成原因有多种，但最主要的原因与碘代谢有一定的关系。由于长期缺碘、甲状腺滤泡潴留，这种情况补碘可能消失。另一种是结节性甲状腺肿的囊性病变。形成的原因是甲状腺局部血供不足，囊肿逐渐形成囊壁，该囊肿完全消失的可能性降低，可行射频消融术或手术切除治疗。甲状腺囊肿大部分都是良性的，出现了甲状腺囊肿，应该要进行甲状腺功能的检查。
一般来说，甲状腺囊肿能治好。
甲状腺囊肿是指在甲状腺中发现含有液体的囊状物。一般情况下，甲状腺囊肿属于良性病变，通常能治好。如果囊肿肿大不影响到颈部外观，或者压迫其他的器官和喉返神经，观察即可；如果特别大，影响美观，或造成身体不适，可以进行囊肿摘除术。
患者在日常生活中应当加强身体锻炼，注意保暖，饮食清淡，不吃刺激性食物多，吃富含钙质的食物，不要吃刺激和油腻的食物。
甲状腺囊肿治疗主要依据甲状腺囊肿的肿物多少、大小来决定。较小甲状腺囊肿无需治疗，较大甲状腺囊肿或者短期内迅速增大的甲状腺囊肿。由于甲状腺囊肿多数是良性，手术切除之后，一般无需再进行其它方面的治疗。但是如果甲状腺囊肿较多，甲状腺组织也进行了部分切除，可能造成一部分病人甲状腺功能减低，术后还需配合进行甲状腺激素的治疗。
甲状腺功能亢进症，需要注意忌碘饮食，避免食用海带，紫菜以及海鱼，海虾等海鲜等食物。需要高蛋白，高营养的食物。如果是甲状腺功能减退，需要注意在服用甲状腺激素类药物下避免与牛奶，豆浆类食物同时服用。
