支原体和衣原体感染，是性接触性传染，主要是使用敏感性抗生素进行治疗，需要2到3周左右的治疗时间才能够恢复。在治疗的过程中，一定要注意禁止性生活。在机体抵抗力下降的状况下，还是容易复发，所以必须加强营养，增强体质。合理的安排休息时间，不可熬夜，不可以吃刺激性食物。
支原体感染可以选择药物治疗，能够起到抗病菌的作用，可以改善身体症状，要遵照医嘱用药物治疗一段时间后，进行复查。除外药物治疗外，输液治疗也是比较好的，如果不想吃药可以选择输液。
患有沙眼衣原体的病人，病情尚无严重并发症时，服用普通的抗生素即可治疗，不过药物的使用要求规范，且坚持长期服用（1~2个月）。另外，由于沙眼衣原体广泛存在，因此需要注意卫生，以防止眼部再次感染。对于严重并发症的病人则需要手术治疗。
沙眼衣原体感染的治疗方法如下：中药治疗、物理疗法：迅速缓解症状、控制炎症发展，西医疗法：针对致病体进行药物抗炎治疗。具体的治疗需结合病情。平时饮食要注意。多吃蔬菜水果。
衣原体感染引起咳嗽可以通过静脉注射和口服药物进行治疗。肺炎支原体和肺炎衣原体感染后起病缓慢，可引起阵发性刺激性咳嗽并伴有粘稠痰液，可转为顽固性剧烈咳嗽并伴有胸口疼痛。
支原体是一种比较顽固的病原体，主要是通过性行为感染，容易产生耐药，如果不及时治疗或治疗不规范，会引起阴道炎、宫颈炎、盆腔炎、尿道炎等妇科炎症，建议多喝水，并在医生的指导下使用药敏试验中敏感的抗生素进行治疗。
