在临床上是非常常见的，如果没有什么不舒服的症状，是不需要特殊的治疗的，主要就是积极的注意休息，避免长时间的剧烈运动，如果有一些膝关节的滑膜炎骨性关节炎需要积极的进行治疗，否则关节积液增多容易导致囊肿的增大。如果局部囊肿增大明显，产生的局部明显肿胀的感觉，影响到关节活动受限，是需要积极进行手术治疗的，需要进行手术切除。
腘窝囊肿跟过度劳累或局部肌腱肌肉等软组织炎症有关，中医方面用中医辨证论治，对证治疗，如用活血化瘀，健脾利湿，消肿止痛的方药，外用舒筋活血的药物外敷会有所好转。
可以进行保守治疗。但是如果囊肿是比较大的，已经严重影响到了膝关节的相关运动，一定要进行手术治疗，以免耽误病情。右侧腘窝出现囊肿，首先要考虑囊肿的大小，如果囊肿是非常小，对于平时的运动是没有什么影响的。
卵巢囊肿压迫大腿根疼可以通过手术治疗。
卵巢囊肿如果非常大的情况下，出现压迫症状，压迫到坐骨神经的时候就会引起大腿根部的疼痛，常常在手术之后，这种疼痛的症状就会明显的缓解。建议患者可以健侧卧位睡觉，减轻相应的压迫症状，并且建议尽快的做手术给予治疗。卵巢囊肿在临床上虽然绝大部分是良性的，但是个别也可能会发生恶性变，尤其是对比较大的囊肿，要引起重视，尽早切除病灶并且送病理化验。
传统的方法是切开，切除腘窝囊肿，这种方法，手术创伤比较大，术后膝关节功能容易受限，关节后方容易粘连，比较好的方法是由关节镜来进行，腘窝囊肿的切除，首先通过关节镜处理关节内的病变。
