早上醒来腰两侧疼可能是以下原因引起的：
腰两侧疼痛的病因有很多，第一要注意疼的部位和腰背部是否有敲击痛，同时还存在肾脏部位的敲击痛，这是因为结石导致的，所以要做泌尿系统的超声波检测。没有肾结石的患者，腰间的压迫感很有可能是腰肌劳损，还要看有没有腰椎扭伤的历史，还有就是床垫的柔软度，如果床垫过柔软，会引起腰椎的过度弯曲和肌肉的劳损。
腰疼后背疼腰两侧疼可以挂骨科、康复科或者疼痛科，原因如下：
挂号是为了两个方面：一是为了明确腰痛病因，二是为患者提供康复治疗。腰酸背痛，考虑可能是腰部的肌肉和筋膜的劳损，棘上韧带、棘间韧带的疲劳等原因引起的。一般采用的是保守疗法，主要是通过强化腰背肌肉的运动，以及在急性期服用一些非甾体的消炎药和微波理疗。在复健科和中医科，可以考虑针灸、中低频电法等。在疼痛科，可以通过局部的封闭治疗来缓解患者的痛苦。
腰痛是一个常见症状，通常可见于很多种病患，有腰椎病患，如腰椎间盘突出症，椎管狭窄，腰椎急性扭伤，脊柱小关节错位，类风湿等，腰部软组织病患，腰肌劳损，肌肉拉伤等，建议查查腰椎片，腰椎CT，注意姿势和体位，睡硬板床，补充钙和维生素D，解痉止痛药物治疗。
怀孕肚子两侧疼并不是特别的强烈，这是因为子宫的扩张对两边的压迫所导致的，一般是正常的。但如果患者有明显的疼痛和其它的临床表现，可能与胃部的器官病变有关，比如胃炎、胃溃疡等，这是不正常的。
建议孕妇到正规的医疗机构进行详细的检查，以确定病因。平时也要做好产检工作，注意饮食卫生，不要吃不干净的食物，以免影响身体健康。
腰两侧肌肉痛的原因有：
1、长期弯腰、拾物、久坐、久站、久躺等不良生活、工作姿势，会造成腰部肌肉的慢性劳损，同时也会造成腰背部肌肉的疲劳和高强度的运动引起的疼痛。
2、腰椎间盘突出会对腰肌的神经造成压力，从而引起腰侧的肌肉疼痛。
3、女性可能会有合并怀孕的可能，怀孕期间由于胎儿生长、子宫宫腔扩大，导致腰部肌肉疼痛，女性月经期间会出现腰肌酸痛。
4、输尿管结石、肾结石等泌尿系统疾病都会导致腰两侧肌肉疼痛。
5、全身感染性疾病，如肺结核、布氏杆菌病等，可引起全身高烧，并可造成腰肌酸痛。
6、夜间睡觉时，如果不注意保暖，腰会因为着凉而抽筋，早上起来的时候会出现腰侧的肌肉酸痛。
