如果有疼痛感，可以口服利胆消炎的药物，也可以采取中医辩证治疗的，如果反复发作，可以考虑手术治疗，可以使用腹腔镜治疗的，这样损伤性较小，具体的，建议遵当地的医嘱的。
肝内胆管结石不能自愈，需要系统进行医学治疗，多继发于胆道系统感染或者有胆道蛔虫的病史，以及外伤之后导致的胆管损伤，或者先天性发育异常，有解剖胆管变异，容易导致胆汁淤积，继发形成结石。
肝内胆管结石和肾结石都是临床上比较常见的疾病，这些都是良性病变，导致这种疾病的原因与个人的体质有关系。严重者也可以通过外科手术来治疗。日常生活中避免吃太油腻的食物，多饮水，勤排尿。肾结石病因：肾结石的原因包括由于细菌的感染，可使结石胆红素水解为游离胆红素，游离胆红素颗粒，以脱落细胞，寄生虫卵等为核心，在胆汁中粘蛋白的帮助下，不断沉积，形成结石。
肝内胆管结石不会自愈。如果患者有手术指征及早进行手术治疗。采取的手术方式是高位胆管切开取石术。如果患者肝内胆管结石造成某一叶的肝脏萎缩，可以行肝部分切除或者肝段切除。
肝内胆管结石能活20年-30年。肝内胆管结石不影响寿命，它是一种良性的病变，并不是癌症，也不是恶性的肿瘤。要保持良好的心态，生活要有规律，作息的规律，避免劳累以及精神的高度紧张。可以采用积极的治疗来去除肝内胆管的结石。