需要给宝宝应用抗生素类的药物治疗，同时口服相关药物保护胃肠粘膜，防止毒素入侵肠粘膜组织、加重肠道损害。在饮食上，要注意食入清淡、容易消化的食物，少食多餐，补充营养，提高机体免疫功能。
婴儿消化不良腹泻可以给孩子吃一点肠道微生态制剂进行调理，还每天可以把双手搓热放到宝宝肚脐的位置，顺时针按摩，每次十下左右，每天3-5次。在饮食上要注意少量多次喂水，避免孩子出现脱水，避免吃油腻、生冷的食物。
婴儿消化不良取决于是母乳喂养还是奶粉。如果是母乳喂养，它会受到成年人的影响。如果母亲饮食不当，可能会出现腹泻和腹痛。当然，这也与护理不当有关。婴儿消化不良的治疗是自然的，成人应首先尽可能容易地进食，并使用一些消化药物以及儿童。如果有奶粉的孩子有消化不良和腹泻，们需要多次吃少量的食物。
可以吃一些药物进行治疗，也可以吃一些调理肠胃的饮食，同时应该调理宝宝的肠胃，增加有益菌摄入，平衡肠道有益菌群，同时适当减少奶量，让肠胃有休息的时间，这样可以减轻婴儿的症状。
儿童，反复出现腹泻，腹胀表现，这可能与消化不良、饮食不当引起的胃肠功能紊乱有关。可以服用益生菌调节肠道菌群改善脾胃功能治疗，合理喂养，少量多餐饮食，尤其要掌握辅食添加原则，防止加强胃肠负担。
一般的母乳性腹泻不是消化不良导致的，宝宝可能对母乳比较敏感，如果腹泻较严重建议用奶粉喂养，也有可能随着宝宝长大会改善，只要体重增加就不需担心。虽然有腹泻，但孩子生长发育不受影响。
