巧克力囊肿做腹腔镜手术是不会疼的，因为在手术中会用到全麻，病人会在麻醉结束后昏迷。
手术完成后，患者可能会出现小腹的疼痛和不适，这是因为麻醉药物药力会逐渐减弱，直至消失，但这种不适症状通常在术后24小时能够自行消失。做手术之后一定要卧床休息,不要做剧烈的运动,还要注意腹部保暖,避免着凉，饮食以清淡、营养为主。
麻醉成功之后，会在肚脐以及肚脐的两周，总共切4个小的刀口。然后将所有的器械都进入到盆腔观察情况，找到巧克力囊肿，将其提起。先进行穿刺，将囊肿里面的液体引流，再将囊肿里面血液冲刷，之后进行巧克力囊肿的剥离。剥离之后再进行缝合和止血。缝合结束之后需要进行盆腔的冲洗。再检查盆腔内没有异常出血，将器械撤出，手术就结束了。
巧囊穿刺时是需要麻醉的，不会有疼痛的，既然有疼痛感，都是可以能忍受的。需要注意休息，避免劳累，保持良好的心情和充足的睡眠，要注意个人卫生，穿刺前是需要禁止性生活的。
巧囊术后卵巢早衰可以通过以下方法进行治疗。其中西医一般有以下几种治疗方案：人工周期；促性腺素；免疫抑制剂。另外，可以通过中药治疗或中西药结合治疗方法使卵巢逐步恢复功能。
巧克力囊肿是没有明显症状，但可能有子宫内膜异位症，子宫内膜异位症可能出现痛经、月经异常。对于巧克力囊肿，药物治疗通常无效。应该考虑微创手术。手术后也需要注射以防止复发。如果子宫内膜异位症引起严重痛经，也可以用药物治疗。
