室间隔缺损小于0.1-0.3cm时没有任何临床表现其不需要特殊治疗，在1岁半左右可以自行修复。对于缺损比较严重的患儿采用介入治疗和手术治疗，药物治疗可以积极地防止感染性心内膜炎的发生，也可以防止心力衰竭的发生。进行手术治疗需要择期进行，最佳手术年龄在3岁左。
先天性心脏病室间隔缺损的治疗原则主要是鉴于室缺有自然闭合的可能，因而对缺损小、年龄小的病儿可随诊观察至2岁-3岁的可以进行手术治疗，对于极小室缺、无症状、胸片、心电图均正常者，可以保守治疗。
先天性心脏病可以分为三大类，分别为左向右分流型的，在正常现象下体循环的压力是高于肺循环的，右向左分流型的，某些原因导致了右心室的压力升高并且超过了左心，从而使血流从右向左分流，无分流型的也就是左右两侧或者说动静脉之间没有出现异常的通路或者是分流。
婴儿先天性的室间隔缺损如果缺损并不是很大，在1岁内有自己好的可能性。如果在1岁以后还是没有愈合，并且在5mm以内，要随时观察随访，每半年做一次体检和心脏的超声检查。如果心室缺损在5mm以上，应该每季度做一次心脏彩超检查。平时还要注意肺动脉压力的变化，如果肺动脉压力大于50mmHg，就应该抓紧时间安排手术。
先天性心脏病室间隔缺损的生存期尚不清楚，这与其损伤的严重程度和处理方法有关。间质缺损比较轻微，只要及时进行手术，基本不会对生命造成任何的损害，其生存期与正常人相当。如果出现严重的房间隔缺损，通过外科手术，患者的心脏机能可以恢复正常，但生存期要比普通人短一些。如果不及时有效地处理，可能导致心内膜炎等并发症，对儿童的生命和寿命造成极大的危害。
先天性心脏病室间隔缺损有可能会引起胸闷，憋气，头晕，晕厥，平时可能抵抗力比较低，很容易反复感冒。心脏供血不足也可能会影响到身体的发育。只要发现有异常，就需要进一步检查，如果确诊是室间隔缺损引起的，必要时考虑手术治疗。