去除肾积水的病因，保留患肾，如梗阻尚未引起严重的不可恢复的病变，在去除病因以后，往往会获得良好的效果。手术方法取决于病因的性质，例如先天性的肾盂输尿管连接部狭窄，可作肾盂成形术，肾、输尿管结石可行碎石或者取石术，这些手术近年来可用内腔镜，就是腹腔镜来进行，术后肾积水及肾功能就会有明显的改善。
肾积水的治疗大多数人不用治疗，可完全治愈。而由泌尿系感染引起的肾盂积水，多建议应用抗生素治疗，建议行中段尿微生物培养、泌尿系彩超、泌尿系CT等相关检查，治疗疗程一般为2周，为复杂性尿路感染。待感染控制稳定以后，肾积水也可以自行消失。如为梗阻引起的肾积水，明确是结石还是肿瘤压迫引起的，大多数解除梗阻后，肾积水可以消失。
对于肾结石，肾积水等疾病，仍需结合具体患者情况具体分析。
由于对不同严重程度肾积水和不同尺寸肾结石所采用的治疗方案有所不同。因此对于肾结石肾积水患者来说，还是要先去正规的医院做一个细致的检查，用CT泌尿系彩超或X线等检查清楚患者具体的肾结石尺寸，肾结石位置和肾积水轻重，进而才能确定更好治疗方法。
对较大肾结石、较严重肾积水通常需手术治疗，对较轻肾积水、较细小肾结石则可采用保守治疗。若保守方法疗效不佳时，则考虑再次手术。
肾积水治疗通常有保守治疗还有手术治疗。如果是肾积水比较轻，病情进展也比较缓慢，肾功能已经达到平衡稳定，可以注意定期复查，了解肾积水有没有进展。肾积水可以引起反复尿路感染，影响肾功能。
肾积水是十分常见的一种疾病，肾积水主要是存在有输尿管梗阻或者其他的尿路梗阻。输尿管梗阻常见的原因是输尿管狭窄或者输尿管结石，引起肾脏积水。肾积水治疗的关键是及时解除梗阻，如果是输尿管狭窄引起的肾脏积水，通常可以行输尿管切除断端吻合手术，只要将狭窄段去除，就会使肾积水缓解。
对孕妇来说，子宫随时间而逐渐变大，胎儿的逐渐发育可引起双侧输尿管的压迫，此种状况可使肾脏所形成之尿液排出阻力升高，继发性则可引起双肾发生积水。
对孕妇肾积水，有生理上的反应，建议应定期变换睡眠体位，解除对输尿管的压迫，可在一定时间内左侧卧位，亦可取右侧卧位，从而避免积水的进行性恶化。孕妇肾积水，如无结石发生，普遍问题不大，等小孩生下来以后这积水通常就能自己减轻了，如积水逐渐加重，可考虑保留双J管的支持，通常不特别推荐介入性处理。
